クリスタで線画の色を変える方法は、線画のレイヤーを選択し小さい赤丸部分の 透明ピクセルをロック をクリックして
塗りつぶし、またはペンの色を変えたい色に変更して塗ります
ペンで一気に塗る場合はペンの太さを大きい値に変更してやると早いです
次に塗っている個所に上塗りする時、はみ出さないように塗るというか線画のレイヤーを参照して別レイヤーを塗る方法（線画で囲まれている個所を参照して、別レイヤーで塗る）
まずは線画のレイヤーを選択状態にし 参照レイヤーに設定を押して
もし参照レイヤーを設定しているのに全体が塗りつぶされる場合は塗りつぶしツールのツールプロパティで複数参照をチェックし参照するものを選択します
ちなみにブラシやエアブラシなどで参照レイヤーの設定はツールプロパティのスパナマークをクリックし
はみ出し防止の参照レイヤーの線からはみ出さないにチェックをすると色塗りの時にはみ出しにくくなる、意図的にはみ出そうとするとはみ出す
あくまで色を枠内で綺麗に塗ろうとする時はみ出さないようにしてくれる機能
可視マークをONにするとツールプロパティに表示されるようになる
